直属单位五

新中国成立后，为了系统研究马克思列宁主义军事理论和毛泽东军事思想，总结古今中外的战争经验，尤其是人民解放军的建军和作战经验，以及编写合成军队的条令条例，探索现代化条件下武装力量建设和人民战争的规律，以适应国防现代化建设和未来反侵略战争的需要，产生了组建专门军事科学研究机构的迫切需求。

自1955年起，中央军委领导多次召开会议，讨论成立军事科学研究的专门机构。1956年9月，叶剑英元帅向中央军委和毛泽东主席提出建立军事科学院的建议。1956年12月3日，中央军委正式发布关于军事科学院筹备委员会的决定。1957年4月22日，中央军委决定以训练总监部军事科学条令部为基础组建军事科学院。

1957年10月24日，国防部发布命令，正式命名军事科学院全称为“中国人民解放军军事科学院”。1958年1月25日，国防部批准军事科学院的组织规程，规定军事科学院直接隶属中央军委和国防部领导。

成立初期

1958年3月15日，军事科学院正式成立，编制为大军区级，由叶剑英元帅担任首任院长兼政治委员。为了加强军事科学院的建设，党中央、中央军委选调了一批功勋卓著的高级将领担任院领导。其中，包括1955年我军第一次授衔十位大将中的粟裕、王树声两位大将，57位上将中的宋时轮、王新亭、杨至成、彭绍辉、钟期光、萧华、邓华、刘震等8位上将。这些身经百战的将帅为军事科学院的建设打下了坚实的基础。

军事科学院建院之初，中央军委赋予它的职能就是“计划指导全军军事科学研究的机关和全军军事学术研究机关”，即一方面计划指导全军的军事科学研究工作，另一方面也从事综合性的军事学术研究工作。

1972年10月，重新调整编制，设办公室、政治部、战理部、战术部、战史部、外军部。

改革开放

1978年十一届三中全会后，军事科学院逐步恢复和发展，组织编制先后进行了多次调整。2003年，中央军委明确军事科学院的职能任务为：“军事科学院是中央军委领导下的军事科学研究机关，是全军军事科学研究中心，是计划和协调全军军事科学研究工作的机构”。

2012年，军事科学院编制设有科研指导部、政治部、院务部、军事战略研究部、作战理论和条令研究部、军队建设研究部、军事历史和百科研究部、外国军事研究部、军队政治工作研究中心等单位。[34]同年，军事科学院被确定为对外开放单位，从而大大促进了军事科学院积极展开各类国际学术交流活动。这些活动已经成为宣传国防政策的有力阵地、获取国外学术信息的有效窗口、拓展科研人员学术视野的重要舞台。

调整组建

2017年7月19日，新调整组建的军事科学院成立大会在北京八一大楼举行。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平向军事科学院授军旗、致训词，出席座谈会并发表重要讲话。

重新调整组建后，军事科学院将由八大研究院、一个研究生院、两个中心共同组成。